Maatahoitavan viljelijän pyrkimys on toimia niin, että viljelyn myötä maa tulee vuosi vuodelta viljavammaksi sen sijaan, että se köyhtyisi. On siis pidettävä huoli siitä, että joka vuosi tarpeeksi suuri osa viljelyalasta kerää voimia tulevaisuutta varten viherlannoituskasvustoina ja että pieneliöt voivat hyvin. Ne vapauttavat ravinteita kasvien käyttöön rapauttamalla niitä kivennäismaasta, hajottamalla eloperäistä ainetta ja sitomalla ilmakehän typpeä.
Puutarhan ravinnetalouden haasteena on ihmisen keräämän sadon mukana pois kuljetetun eloperäisen aineen ja sen sisältämien ravinteiden korvaaminen. Toisen haasteen muodostavat viljelytoimenpiteiden vaikutukset maaperän eläimiin ja pieneliöihin. Erityisesti maan tiivistyminen ja eloperäisen aineen niukkuus köyhdyttävät maaperän elämää. Tavanomaisessa viljelyssä ravinnevaje korvataan keinotekoisilla lannoitteilla joiden valmistus ja käyttö kuormittavat ympäristöä monella. Luonnonmukaisessa viljelyssä sama asia tehdään minimoimalla ravinnehävikkiä tuomalla maahan eloperäistä ainetta katteiden, aluskasvien ja kompostin kautta kierrätettyjen jätteiden muodossa sekä maaperän eläinten ja pieneliöiden elinoloista huolehtimista.
Viljavan pintamaakerroksen kehittymiseen tarvitaan runsasta maaperäeliöstöä, jonka perusedellytyksiä ovat happi, lämpö, hajotettava kasviaines ja sopiva kosteus. Maaperän eläimet, madot, lierot, hyönteiset ja alkueläimet, sekä bakteerit ja sienet käyttävät pintakerroksen eloperäistä ainetta ravinnokseen ja muuttavat sitä humukseksi, ravinteikkaaksi ruokamullaksi.
Kasvien kasvun kannalta tärkeimmät ravinteet ovat typpi, kalium ja fosfori, mutta myös joukkoa muita aineita tarvitaan kasvin elintoimintojen ylläpitämiseen. Näiden hivenaineiden puutokset saattavat johtaa kasveissa kasvuhäiriöihin, jotka näkyvät esimerkiksi lehtien värivirheinä. Pitemmällä aikavälillä ravinnetasapainoa parannetaan toimivan viljelykierron ja maan rakenteen huomioivien viljelytoimien avulla. Akuutit ravinteiden puutokset on syytä korjata täydennyslannoituksella, kuten kompostilla tai hevosen lannalla. Läpi kasvukauden pieniä määriä ravinteita voidaan lisätä myös esimerkiksi nokkoskäytteen avulla.
Nokkoskäyte
– kerätään vajaa ämpärillinen nokkosta varsineen
– ämpäri täytetään vedellä ja nokkoset painellaan veden alle
– muutaman päivän päästä neste laimennetaan (1 osa käytettä, 4 osaa vettä) ja käytetään kasteluun
Viherlannoituksessa hyödynnetään kasvien kanssa symbioottisessa suhteessa elävien typensitojabakteerien toimintaa. Näitä kasvien juuriston nystyröihin kertyviä bakteereja on pääasiassa palkokasveilla, kuten pavuilla ja herneillä, sekä apiloilla, virnoilla, lupiineilla, mesiköillä ja sinimailasella. Typensitojabakteerit tuovat maahan enemmän typpeä kuin isäntäkasvit pystyvät omaan kasvuunsa käyttämään. Maahan jäävän typen määrä riippuu myös siitä, kuinka suuri osa isäntäkasvin ottamasta typestä kuljetaan pois satona ja paljonko jää hajoamaan paikallaan, eli jätetäänkö esimerkiksi apilakasvusto viherlannoksena viljelymaahan vai ei.
Viherlannoituksessa voidaan käyttää yhden kasvilajin puhtaita kasvustoja, mutta usein ne ovat monen kasvilajin sekoituksia, joissa palkokasvien typensidontaa täydennetään seoksen muiden kasvien ominaisuuksilla. Monien heinä- ja viljakasvien vahvat ja tiheät juuret yhtä aikaa murustavat maanrakennetta, estävät eroosioita ja tukahduttavat oheiskasveja. Kauran ja rukiin juurista erittyy maahan aineita jotka torjuvat kasvitauteja. Niiden kasvattama vihermassa vie elintilaa oheiskasveilta ja lisää hajotessaan maan multavuutta.