Luonnonmukainen, maata hoitava ja ravinteita kierrättävä viljelijä kohdistaa huomionsa yksittäisten kasvien sijaan koko viljelyekosysteemin toimivuuteen ja kestävyyteen pitkällä aikavälillä. Viljelykasvien satoisuus on luonnollinen seuraus koko ekosysteemin hyvinvoinnista. Viljelijä on enemmän luonnon hoitaja kuin tuottaja.
Luonnossa paljasta maata ei juuri näy ja eloperäistä ainetta syntyy jatkuvasti lisää. Kasveja kasvaa eri korkeuksilla, jotta auringonvalo tulee tehokkaasti käytetyksi maanpinnasta puiden latvustoon saakka. Kasvien juuret sitovat, muokkaavat ja ilmastavat maata, eikä maa-ainesta huuhtoudu veden tai lennä tuulen mukana pois. Kuollessaan juuret jättävät jälkeensä ilmakäytäviä. Lehtien kurottuessa valoon niistä muodostuu lehvästö joka varjostaa maanpintaa ja vähentää veden haihtumista. Maata suojaa myös kuolleen kasvimateriaalin muodostama karikekerros. Kosteana pysyvä maa palvelee paitsi kasvien vedensaantia, myös pieneliötoimintaa joka hajottaa karikekerroksen vihermassaa ja vapauttaa siitä ravinteita. Eri kasvilajit auttavat toisiaan myös karkottamalla toistensa tuholaisia ja houkuttelemalla hyötyeliöitä.
Kestävä viljelyekosysteemi jäljittelee luonnon ekosysteemiä. Sen keskeiset tunnusmerkit ovat multava ja ilmava maan rakenne, runsas määrä hajotettavaa eloperäistä ainetta ja monipuolinen eliöstö. Sitä pidetään yllä ja hoidetaan toimivan viljelykierron, sekä pysyvien kohopenkkien ja katteen käytön avulla.
Viljelykierto on luonnonmukaisen viljelyn käytännöistä keskeisin. Sillä tarkoitetaan viljely- ja maanparannuskasvien paikan vaihtamista säännöllisesti, useimmiten vuosittain, puutarhan olosuhteisiin ja viljelykasvivalikoimaan sopivaksi suunnitellussa järjestyksessä. Viljelykierron tärkein tehtävä on viljelymaan ravinnetalouden hoitaminen, mutta sillä hoidetaan myös maan rakennetta, kasvatetaan eloperäisen aineen määrää maassa, ehkäistään kasvitautien ja kasvintuhoajahyönteisten aiheuttamaa sadonmenetystä ja hallitaan oheiskasveja.
Usein viljelykierron yksikköinä ajatellaan kokonaisia peltolohkoja, mutta pienimuotoisemmassa viljelyssä yksikkönä voidaan käyttää kohopenkkiä tai viljelyastiaakin.
1. vuoron kasvit tarvitsevat eniten ravinteita, niitä ovat: kurpitsat, kurkku, melonit, kaalikasvit, purjo, selleri, sekä koisokasvit, tomaatti, paprikat ja munakoisot
2. vuoron kasvit: lehtivihannekset, kuten salaatti, mangoldi, pinaatti ja yksivuotiset yrtit
3. vuoron kasvit: palkokasvit, kuten herneet ja pavut
4. vuoron kasvit tarvitsevat vähiten ravinteita, niitä ovat: juurekset ja sipulit
5. vuorossa viherlannoitus palauttaa maahan ravinteita ja hoitaa maata myös muilla tavoin.
Peruna voidaan oheiskasvitilanteen mukaan sijoittaa viljelykierrossa tarpeen mukaan joko toisen ja kolmannen tai kolmannen ja neljännen vuoron kasvien väliin tai viimeiseksi.
Viherlannoituksella tarkoitetaan siemenseosta, joka kylvetään viljelyalueelle viljelykiertosuunnitelman mukaisesti muutaman vuoden välein. Viherlannoituskasvuston tarkoituksena on sitoa maaperään ravinteita, lisätä eloperäisen aineksen määrää maassa ja muokata maaperää ilmavammaksi. Kasvustot voivat olla yksi- tai monivuotisia. Monivuotiset, apilapitoiset viherlannoituskasvustot tuottavat eniten typpeä sekä maanrakennetta ja pieneliötoimintaa vahvistavaa vihermassaa.
Katteen käyttö torjuu eroosioita, ehkäisee veden haihtumista, tukahduttaa oheiskasvustoa (rikkaruohoja), parantaa maan rakennetta ja ruokkii maaperäeliöstöä. Kate kylvetään tai levitetään penkkien tai viljelylaatikoiden väliin käytäville, sekä peittämään maata viljelykasvien välissä ja juurella.
Käytäville katteeksi sopii hyvin matala ja monivuotinen viherlannoituskasvusto, kuten valkoapila. Viljelykasvien juurelle voidaan levittää leikkuunurmea, kasvimaan ympäriltä niitettyä heinää (jos se ei vielä kuki), kitkettyjä rikkaruohoja ja viljelykasvien naatteja ja muita osia. Myös olkea voidaan käyttää katteena. Olki on tuorekatteen tavoin tehokas veden haihtumisen ehkäisijä ja oheiskasvuston tukahduttaja, mutta lyhyellä aikavälillä se pikemminkin vie maasta ravinteita, kuin tuo niitä sinne lisää. Suojatakseen kuivuudelta ja hillitäkseen rikkaruohoja katekerroksen on oltava tuoreena vähintään 15 cm paksu. Katetta lisätään säännöllisesti kun se kuivumisen ja hajoamisen myötä vähenee.