Ruoan kasvattaminen kaupungissa herättää usein kysymyksen siitä, voiko kaupunkiruoka ruoka olla puhdasta ja terveellistä. Nyrkkisääntö on, että sadon huolellinen peseminen ja kuoriminen riittää. Haitalliset aineet eivät juuri kulkeudu kasvien sisään.
Ilmansaasteet, kuten raskasmetallit ja polyaromaattiset hiilivedyt saattavat kertyä pölynä kasvien pinnalle, mutta ovat pestävissä pois helposti. Sääntö pätee kaikkeen kaupunkisatoon, mutta varsinkin leveälehtiset kasvikset olisi aina syytä huuhdella ennen käyttöä. Ilmansaasteiden määrä vähenee, kun etäisyys suurista teistä kasvaa.
Ainakin Helsingin maaperän haitta-ainepitoisuudet ovat kotitarveviljelyn kannalta pääosin merkityksettömiä. Maan mahdollisesta pilaantuneisuudesta voi kysyä kaupungin ympäristökeskuksesta. Kannattaa tiedostaa, että Suomessa viranomaisten arviot maan saastuneisuudesta ovat hyvin tiukkoja verrattuna muiden maiden arvioihin. Onkin syytä pyrkiä tekemään itse arvio siitä, onko maan mahdollinen pilaantuneisuus ongelma vai ei. Jos viljelyyn valittu alue osoittautuu hyvin saastuneeksi, eikä muuta sopivaa paikkaa löydy, voidaan saastuneisuuden ongelma torjua viljelemällä pohjallisissa astioissa, joihin tuodaan puhdasta multaa.
Ongelmallisia aineita saattavat paikoin olla lyijy ja kadmium. Lyijyä voi olla maaperässä jäänteenä ajalta, jolloin bensiineissä oli lyijyä. Se ei juurikaan liiku maaperästä kasveihin, mutta kasvisten tarkka kuoriminen ja peseminen on tarpeen. Kadmium kerääntyy kasvien juuriin, mutta koska maan pH:n nostaminen hidastaa kadmiumin imeytymistä, voi kulkeutumista ehkäistä huolehtimalla maan kalkitsemisesta. Hedelmien ja marjojen raskasmetallipitoisuudet ovat yleensä pieniä, sillä kasvien sisällä myrkyt eivät juuri kulje juurista eteenpäin. Sieniin raskasmetallit keräytyvät, ja esimerkiksi Helsingin metsiköistä kerätyistä sienistä on löytynyt raskasmetalleja yli suositusarvojen.